首先，济宁地处京杭运河的中段，不仅如此，流经济宁的大运河为京杭运河全段的地理最高处。尤其是城北的南旺为整条运河的最高处，有运河屋脊之称。高低落差较大，通水困难。成为节点性河段。其次，与黄河相交。泥沙淤积，黄泛频频。难以治理。正如史料所记载：济宁为“南控江淮，北接京畿”；“闭则为锁钥，启则为通关”。济宁地理位置的特殊性和重要性不言而喻。势必会引起各朝代的重视。所以成为“运河之都”有其必然性。
面对济宁如此特殊的地理位置和地理环境，势必会有特殊的政策与之对应。为确保大运河的畅通，使漕船能够南下江南，北达京津。朝廷与六大部院之外特设专门的全国最高治河司运行政机构和军事机构常驻济宁。重点治理济宁地区的河段，同时兼顾全运和的治理与督管。
据考，元代在济宁初设开浚大臣，后设都水监、行都水督和总治河防使，其官阶一般为正三品。明代在济宁设总理河道、总督河道、经理河漕、总漕兼河道、巡抚兼河道等，简称总河，均由朝廷钦命署理，官阶为正二品，但不乏正一品，从一品大员充任。清朝派驻济宁的司运机构多袭明制，设总河部院，钦命署理，秩正二品。据雍正《清会典》载：“顺治初，仅设河道总督一人，又称总河，综理黄河、运河两河事务，驻济宁州。”直到雍正七年（1729年），分河道为三：江南河道总督驻清江浦，称南河；河南、山东河道总督驻济宁州，称东河；直隶河道总督驻天津，称北河。其建制一直延续到清光绪停漕罢运。据考，自顺治元年至光绪二十八年（1644-1902年）的258年间，朝廷钦命河道总督121任，共有101人充任，其中正一品大员近半。其间，总河除移驻清江浦（今淮安市）37年（康熙三十一年1692年至雍正七年1729年，共4人计5任）外，其余年份均驻节济宁。
河道总督衙门是运河、黄河的最高行政管理机构，同时掌管着自己的军队，并主要依靠军队来实现其总督职能。因此说，河道总督衙门是一个军政合一的机构。据《元史》载，运河贯通后，于至元二十二年（1285年）二月，“增济州漕舟三千艘，役夫二千人。”元初，经漕运京都的粮米约百万担，其中通过济宁所运漕粮达30万担。为管理漕运，朝廷在济宁城南的鲁桥（今属微山县）设立了都漕运司使。至正十年（1350年）设济宁兵马司，驻扎辅漕兵士1．2万人。至正十六年，置济宁枢密分院。明代驻济宁的治河司运军事机构为总理河道军门署，下设道、卫，负责节制南北直隶和河南、山东各道。济宁驻军最多时达1．3万人。除固定的道、卫、署、衙外，还有其他的军司。永乐十八年（1420年），行军司马樊敬受命提兵10万镇守济宁。明正德之后，朝廷每年均遣尚书、都御史等大员兼理运河军事。隆庆四年（1570年），朝廷为总河加提督军事职衔。此刻的济州城可谓是五步一衙，十步一署，办公府衙林立，成为治理运河的政治中心。清代，朝廷为河道总督加兵部侍郎、右都御史衔，秩正二品。顺治初年，总河杨方兴奏请设河标中军副将署，作为河道总督衙门的直属机构，也是运河全线的最高军职衙门，驻节济宁州。河标中军副将署为总河副职、河标兵丁主帅，从二品，其职责为总理运河营防，催调粮草，护卫漕船，沿河治安等。河标中军副将署下辖驻守沿运河各城镇的河标营和卫。
为督理京杭运河的治理和漕运，在运河沿岸又设立了众多的分支机构。运河总督署仅在济宁设置的机构就有运河道署、运河同知署、泉河通判署、管河通判署、钜金嘉管河主簿署等；河标中军副将署在济宁设置的军事机构有运河兵备道署、运河标营署、守备署、卫署等；此外，还有朝廷派驻的巡漕使院、抚按察院、布政司行台、按察司行台、治水行台等机构。再加上省道府州县的行政机构或由其派驻的机构，元明清三代驻济宁的各级各类治运司运以及行政监察机构比比皆是，不可胜记。因而，在民间有“济宁七十二衙门”之说，这架势一点不亚于天朝长安大街两侧了吧。
成为运河之都不仅仅是因为济宁是众多衙署的驻地，还因为河道总督署拥有的权利。据考，河道总督署权利甚大。史载，嘉靖二年（1523年），“遣都御史提督河道，山东、河南、南北直隶巡抚皆受节制。”又载，明代驻济宁的两个兵备道下设布政司、按察司，习称“二司衙门”，各设官一员，敕行事代管河道，所属府州县官皆受其节制。由此不难看出，不仅省里的巡抚大人要在总河的节制之下，沿河各州府县也要在总河下属的兵备道的节制之下。由此，足见河道总督衙门的权力之甚，超乎常人所想象。
在济宁老博物馆（古槐路中段）现今仍保存着一门明代的铁炮，炮筒上赫然铸有“河道总督署造”，这是对权利的又一佐证。
元、明、清三朝将治河司运的最高行政机构和最高军事机构驻设在济宁，使济宁成为京杭大运河的管理中心，沿运河各地均受制于驻节济宁的河道总督衙门。在这看来将济宁称作“运河之都”实至名归。
济宁的河道总督衙门博物馆也在加紧建设之中，这是原址的基础之上复建而成。建成之后将会重新开启人们那段对运河的记忆。